Ο Γενικός Γραμματέας του Υπουργείου Εσωτερικών Κώστας Πουλάκης τόνισε σε δηλώσεις του ότι «η σχολική προσευχή είναι κατάλοιπο μιας απολύτως αντιδραστικής αντίληψης περί… “Ελλάδος Ελλήνων Χριστιανών”». Συγκεκριμένα, επεσήμανε την ανάγκη «το κράτος σε όλες του τις εκφάνσεις επιτέλους να αποκτήσει κοσμικά χαρακτηριστικά. Ο θεσμός της πρωινής προσευχής είναι κατάλοιπο μιας πολύ περασμένης εποχής και μιας απολύτως αντιδραστικής αντίληψης περί… “Ελλάδος Ελλήνων Χριστιανών”, που εισάγει -ακόμα και σε συμβολικό επίπεδο- έναν ανεπίτρεπτο διαχωρισμό μεταξύ των μαθητών. Η άσκηση της λατρείας είναι προσωπικό θέμα των παιδιών και των οικογενειών τους. Όχι του σχολείου». Η συγκεκριμένη δήλωση σήκωσε θύελλα διαμαρτυρίας από όλα τα κόμματα.