Ήταν 26 Σεπτεμβρίου 1989 όταν ο Παύλος Μπακογιάννης δολοφονήθηκε από τρία μέλη της «17 Νοέμβρη», υπό την καθοδήγηση του Κουφοντίνα, στην είσοδο της πολυκατοικίας της οδού Ομήρου στην Αθήνα, όπου στεγαζόταν το γραφείο του.
Το προηγούμενο βράδυ ο βουλευτής της Νέας Δημοκρατίας είχε ξενυχτήσει σε συζητήσεις με τον Συνασπισμό και επέμενε ο άνδρας της συνοδείας του να ξεκουραστεί, καθώς είχε ταλαιπωρηθεί δίπλα του. Φτάνοντας στο γραφείο του, στα σκαλιά της εισόδου, τρεις άνδρες με δύο 45άρια πιστόλια τού έριξαν τέσσερις σφαίρες.
Ο Παύλος Μπακογιάννης άφησε την τελευταία του πνοή στον «Ευαγγελισμό», με την άνανδρη δολοφονία του από την 17Ν να συγκλονίζει.
Ο Μπακογιάννης ήταν ένας άνθρωπος που είχε ενεργό δράση στον αντι-δικτατορικό αγώνα και αν και συντηρητικός, είχε προσπαθήσει για την Εθνική Συμφιλίωση και την επούλωση των πληγών του Εμφυλίου και του Διχασμού.
Η δολοφονία του προκάλεσε σοκ, ακόμη και σε αυτούς που έδειχναν ανοχή για την δράση της 17 Νοέμβρη, καθώς εθεωρείτο ένας άνθρωπος με σύνεση, δημοκράτης και ενωτικός.
«Αποφασίσαμε λοιπόν να εκτελέσουμε τον απατεώνα και ληστή του λαού Μπακογιάννη. Ο κύριος αυτός είναι υπεύθυνος όχι μόνο γιατί έκλεψε τα πρώτα 60 εκατομμύρια του ιδρυτικού κεφαλαίου της Γραμμής αλλά και για τις εκατοντάδες εκατομμύρια που είτε έκλεψε μαζί με τον συνεργάτη του Κοσκωτά για την αύξηση του μετοχικού κεφαλαίου Γραμμής, αλλά και για την αγορά μέσω της Γραμμής της Τράπεζας Κρήτης», σημειώνει απόσπασμα από τη 12σέλιδη προκήρυξη με ημερομηνία 18 Σεπτεμβρίου 1989 που εστάλη στην «Ελευθεροτυπία» στις 9 Οκτωβρίου 1989.
Την ημέρα της δολοφονίας του εγκρίθηκε από την Ευρωπαϊκή Ένωση η χρηματοδότηση του προγράμματος για την Ευρυτανία, που ο ίδιος είχε καταρτίσει.
Ο Μπακογιάννης κηδεύτηκε στο Καρπενήσι στις 29 Σεπτεμβρίου 1989, παρουσία πλήθους κόσμου, που φώναζε συνθήματα κατά της τρομοκρατίας.
