Την άσκηση ποινικής δίωξης για τον τρόπο διάθεσης ποσού 25 εκατ. ευρώ από την απαλλοτρίωση εκτάσεων του αγροκτήματος του ΑΠΘ, παρήγγειλε ο εισαγγελέας διαφθοράς Θεσσαλονίκης Αχιλλέας Ζήσης, μόλις λίγες εβδομάδες από τη δίωξη για την υπόθεση της αγοράς κτιρίου προκειμένου να στεγαστούν ερευνητικές δραστηριότητες του Ιδρύματος.
Η υπόθεση, που αφορά το διάστημα 2005-2011, άρχισε να ερευνάται ύστερα από καταγγελία πανεπιστημιακού καθηγητή που ισχυρίστηκε ότι από τα 25 εκατομμύρια ευρώ της απαλλοτρίωσης εκτάσεων του αγροκτήματος της Γεωπονικής Σχολής, κατέληξαν σ’ αυτήν μόλις 2 εκατ. ευρώ, αν και προέρχονταν από περιουσιακό της στοιχείο.
Σύμφωνα με την ίδια καταγγελία, τα υπόλοιπα χρήματα κατέληξαν, χωρίς προηγούμενη απόφαση της Συγκλήτου, στην Εταιρεία Αξιοποίησης και Διαχείρισης του Πανεπιστημίου και διατέθηκαν σε δαπάνες, με απευθείας αναθέσεις, όπως για παράδειγμα στην πανεπιστημιακή κατασκήνωση στη Χαλκιδική κ.ά.
Η καταγγελία άρχισε να ερευνάται στις αρχές του 2017 από το ΣΔΟΕ και ελεγκτές δημόσιας διοίκησης, ενώ μετά την ολοκλήρωσή της το πόρισμα διαβιβάστηκε στο γραφείο του εισαγγελέα διαφθοράς, Αχιλλέα Ζήση, που παρήγγειλε την άσκηση ποινικής δίωξης. Η υπόθεση βρίσκεται πλέον στα χέρια ειδικού ανακριτή ενώπιον του οποίου θα κληθούν τα εμπλεκόμενα πρόσωπα.