Η επανάσταση άρχισε στη Σάμο στις 18 Απριλίου 1821. και σε πανηγυρική τελετή, επίσημα, στις 8 Μαΐου 1821 στο Καρλόβασι. Τον ίδιο μήνα ο Λυκούργος Λογοθέτης εκπόνησε και έθεσε σε εφαρμογή τοπικό πολίτευμα, το Στρατοπολιτικό Διοργανισμό της Νήσου Σάμου, ώστε να κυριαρχήσει η ευταξία και η ευνομία στο νησί. Σύμφωνα με το τοπικό αυτό σύνταγμα, καθιερώνονταν στο νησί δυο συστήματα διοίκησης: το πολιτικό και το στρατιωτικό. Μέλη του πολιτικού ήταν ο Γενικός Διοικητής, οι τρεις Πολιτικοί Κριτές εκλεγόμενοι όλοι από τη Γενική Συνέλευση, ο Γραμματεύς του Διοικητηρίου, οι έφοροι των χωριών, ο Αστυνόμος οι Λιμενάρχες και οι Τελώνες. Το στρατιωτικό σύστημα είχε ανώτατο αρχηγό τον Γενικό Διοικητή και ανώτερους στρατιωτικούς αρχηγούς τους χιλιάρχους.
Με το σύστημα αυτό η Σάμος κατόρθωσε να οργανώσει την άμυνά της και να αποκρούσει τρεις απόπειρες του τουρκικού στόλου, το 1821, 1824 και 1826, να την υποτάξει. Στη διάρκεια της επανάστασης ιδρύθηκαν σχολεία, ενισχύθηκε ο ρόλος του θεσμού των Γενικών Συνελεύσεων και εξυψώθηκε το φρόνημα των Σαμίων τόσο πολύ, ώστε, όταν το 1830 η Σάμος έμεινε έξω των ορίων του ανεξάρτητου ελληνικού κράτους, αυτοί συνέχισαν τον αγώνα τους για ελευθερία μέχρι το 1834 που επιβλήθηκε δια της βίας το καθεστώς της αυτόνομης ηγεμονίας. Και παρά το γεγονός ότι δόθηκαν αρκετά προνόμια στους Σαμιώτες, πάρα πολλοί, μαζί με τους πρωτεργάτες της επανάστασης και τον μητροπολίτη τους Κύριλλο, μετανάστευσαν στο ελεύθερο ελληνικό βασίλειο, στην περιοχή της Χαλκίδας.
1821 Καβοφονιάς: Μια προσπάθεια απόβαση
Η μάχη του Καβοφονιά είναι μία από τις πρώτες μάχες κατά την Ελληνική Επανάσταση του 1821 που αν και υπήρξε ολέθρια για τους Τούρκους δεν είναι τόσο γνωστή. Στη πραγματικότητα η μάχη αυτή ήταν απόκρουση απόβασης, που δόθηκε ακριβώς στο ομώνυμο σήμερα ακρωτήριο της ΒΔ. Σάμου, πρώην ακρωτήριο Τζώρτζης ή Αγίας Παρασκευής, από το ομώνυμο παρεκκλήσιο που υπήρχε σε αυτό, ακριβώς απέναντι από τον όρμο της Μυκάλης.
1821 Καβοφονιάς: Η εξέλιξη των γεγονότων
Συγκεκριμένα στις 3 Ιουλίου του 1821 ο Οθωμανός στόλαρχος Καρά Αλή προσπάθησε ν΄ αποβιβάσει στρατεύματα στη Σάμο προκειμένου να την κυριεύσει αν και τελούσε υπό την προστασία του Σουλτάνου. Μετά όμως την πρώτη αυτή αποτυχία προσποιούμενος την αποχώρηση διέταξε δύο ημέρες μετά στις 5 Ιουλίου απόβαση γεμίζοντας 40 περίπου λέμβους με γενίτσαρους και Αζάπηδες, τις οποίες και κατεύθυνε προς το εν λόγω ακρωτήριο, προκειμένου να προβεί στη συνέχεια σε κυκλοτερή επίθεση. Παρακολουθώντας όμως οι Σαμιώτες οπλαρχηγοί τις κινήσεις του Καρά Αλή αντελήφθησαν το σχέδιό του και έσπευσαν στο σημείο εκείνο ο Καπετάν Σταμάτης Γεωργιάδης (χιλίαρχος), με τον Λυκούργο Λογοθέτη μαζί με 50 περίπου Σαμιώτες και 24 Κρητικούς από τα Σφακιά υπό τον Χατζηγιώργη Μουριανό, όπου και επέπεσαν με ορμή και λύσσα στους Οθωμανούς που προσπαθούσαν να βγουν στη ξηρά με συνέπεια να τους σκοτώσουν σχεδόν όλους, που αποπειράθηκαν την απόβαση, περί τους 700.
1821 Καβοφονιάς: Όλεθρος
Ο όλεθρος αυτός κατά ένα μεγάλο μέρος οφείλονταν αφενός στη παντελή έλλειψη ναυτοσύνης των επιβατών των λέμβων, όπου στη προσπάθειά τους να αλλάξουν σημείο απόβασης προκειμένου να σωθούν σημειώθηκε ανατροπή των λέμβων, και αφετέρου στην άγνοια κολύμβησης. Τα κανόνια που διηύθυναν οι Σταμάτης Γεωργιάδης, Εμμανουήλ Μελαχροινός, Εμμανουήλ Μαθιουδάκης, Χριστόδουλος Πασχάλης καί Πανταζής, προξένησαν απίστευτη φθορά καί πολλούς νεκρούς. Ο αρχηγός τής αποβατικής δύναμης Καπλάν αγάς σκοτώθηκε. Παρά ταύτα 12 γενίτσαροι κατάφεραν να βγουν και για πολλές ώρες αμύνονταν σθεναρά από ένα σπήλαιο που είχαν καταφύγει μέχρι που έπεσαν και αυτοί μαχόμενοι.
Η έκβαση αυτής της μάχης ήταν επόμενο να επιδράσει ευεργετικά στο ηθικό των Σαμίων μέχρι να καταπλεύσει ο ελληνικός στόλος που έδωσε τέρμα στην εκστρατεία εκείνη κατά της Σάμου. Από τότε το ακρωτήριο αυτό ονομάζεται Καβοφονιάς.
