Το 1825 ήταν ένα έτος κρίσιμο για την ελληνική επανάσταση. Αφενός ο εμφύλιος πόλεμος μεταξύ των επαναστατών για τη νομή της εξουσίας, αφετέρου η απόβαση του Ιμπραήμ στην δυτική Πελοπόννησο προοιώνιζαν αρνητικές εξελίξεις για τον αγώνα. Ο Ιμπραήμ μετά την κατάληψη της Πύλου και την εδραίωση των προγεφυρωμάτων του, ετοιμαζόταν να βαδίσει στην καρδιά της Πελοποννήσου και να ανακαταλάβει την Τριπολιτσά. Από ελληνικής πλευράς, ο Κολοκοτρώνης και άλλοι οπλαρχηγοί βρισκόντουσαν στην φυλακή, λόγω των εσωτερικών φιλονικιών. Ο Παπαφλέσσας, που ασκούσε καθήκοντα Υπουργού Στρατιωτικών, διείδε τον κίνδυνο που διέτρεχε η Επανάσταση και εισηγήθηκε την απελευθέρωση των φυλακισμένων οπλαρχηγών.
Παράλληλα, αποφάσισε να αναλάβει ο ίδιος δράση και να αντιπαρατεθεί με τον εχθρό. Με λίγους άνδρες αναχώρησε από το Ναύπλιο και αφού διέσχισε την Πελοπόννησο κατέλαβε την ανατολική πλευρά του όρους Μάλα στο Μανιάκι της Μεσσηνία, μία ορεινή περιοχή που «βλέπει» όλη την περιοχή μέχρι το Νεόκαστρο και από όπου θα είχε καλύτερη εποπτεία των κινήσεων του εχθρού. Ο Ιμπραήμ κινήθηκε εναντίον του με 6.000 πεζούς και ιππείς. Ο Παπαφλέσσας μπόρεσε μόλις να παρατάξει 1.300 άνδρες, κατασκεύασε πρόχειρα προχώματα και παρέταξε τους άνδρες τους σε άμυνα τριών σειρών. Κάποιοι από τους οπλαρχηγούς του πρότειναν να δώσουν αλλού τη μάχη, επειδή η περιοχή ήταν ακατάλληλη και ότι τα ταμπούρια που είχαν κατασκευάσει θα ήταν εύκολη υπόθεση για το αιγυπτιακό ιππικό. Ο Παπαφλέσας επέμεινε να δώσει τη μάχη στο Μανιάκι, υπολογίζοντας στις ενισχύσεις που περίμενε.
1821 Μανιάκι: Η διεξαγωγή της μάχης
Με τη θέα των ορδών του Ιμπραήμ στις 19 Μαΐου 1825, αρκετοί από τους Έλληνες καταλήφθηκαν από φόβο και αρνήθηκαν να πολεμήσουν. «Είχε μαυρίσει ο κάμπος από τον πολύν στρατόν» γράφει χαρακτηριστικά ο Φωτάκος. Σχεδόν αμέσως άρχισαν οι διαρροές. Το σύνθημα της αποχώρησε έδωσε ο Μανιάτης οπλαρχηγός Σταυριανός Καπετανάκης με δέκα άνδρες και στη συνέχεια η φυγή γενικεύτηκε. Το ελληνικό στρατόπεδο δεν αριθμούσε πάνω από 600 άνδρες. Η μάχη άρχισε το πρωί της 20ης Μαΐου 1825 και κράτησε περίπου οκτώ ώρες.
Για τους πεπειραμένους Αιγύπτιους και τους Γάλλους αξιωματικούς τους δεν ήταν δύσκολο να κάμψουν την αντίσταση των λιγοστών Ελλήνων, παρότι πολέμησαν με υπέρμετρη γενναιότητα. Εισέβαλαν στα ταμπούρια τους και τους σκότωσαν σχεδόν όλους, ανάμεσά τους και τον Παπαφλέσσα. Ήταν μια άνιση μάχη από όλες τις πλευρές και έφερε στη μνήμη πολλών τη Μάχη των Θερμοπυλών και τη θυσία των 300 του Λεωνίδα. Οι ενισχύσεις έφθασαν σχεδόν κατόπιν εορτής. Οι 1.300 άνδρες του Δημητράκη Πλαπούτα μόλις που πρόλαβαν να ρίξουν μερικές τουφεκιές, ενώ ο αδελφός του Παπαφλέσσα, Νικήτας Φλέσσας, με 700 άνδρες προτίμησε να αποσυρθεί μόλις έμαθε την καταστροφή.
1821 Μανιάκι: Μετά τη μάχη
Μετά τη μάχη, ο Ιμπραήμ αναζήτησε τον νεκρό Παπαφλέσσα. Του έφεραν ένα ακέφαλο πτώμα. Διέταξε να βρεθεί και η κεφαλή του και αφού στερέωσαν όρθιο σε ένα κορμό δέντρου το σώμα του, του πρόσδεσαν και το κεφάλι, ώστε να παρέχει την εντύπωση ζωντανού ανθρώπου. Τότε ο Ιμπραήμ, κατά τον Φωτάκο, τον κοίταξε άφωνος για λίγο, έκαμε μια χειρονομία σεβασμού και θαυμασμού και είπε: «Πράγματι αυτός ήτο ικανός και γενναίος άνθρωπος. Καλύτερα να επαθαίναμεν άλλην τόσην ζημίαν, αλλά να τον επιάναμεν ζωντανόν».
