Τον Απρίλιο του 1826 και ενώ είχε προηγηθεί η έξοδος και η καταστροφή του Μεσολογγίου, ο Γεώργιος Καραϊσκάκης προσπαθούσε να κρατήσει ζωντανή τη φθίνουσα επανάσταση στη Στερεά Ελλάδα. Στο πλαίσιο αυτό επιχείρησε να δυσχεράνει τις κινήσεις του Κιουταχή αποστέλνοντας επαναστατικά αποσπάσματα να καταλάβουν καίριες θέσεις για την παρενόχλησή του. Έτσι απέστειλε ένα σώμα 150 επιλέκτων να τοποθετηθούν στην Μονή Παναγίας Βαρνάκοβας υπό την αρχηγία των οπλιταρχών Ιωάννη Φραγκίστα, Τριαντάφυλλου Αποκουρίτη και Καστανιώτη. Ανταπαντώντας ο Κιουταχής απέστειλε δύναμη 4.000 ανδρών υπό τους Μουσταφάμπεη και Κεχαγιάμπεη να διασφαλίσουν τη θέση για τους Τούρκους.
Χαράματα της 20ής Μαΐου 1826 η πολιορκία είχε ξεκινήσει για τα καλά, ωστόσο καθόλη τη διάρκεια της ημέρας οι αλλεπάλληλες επιθέσεις των Τούρκων υπήρξαν αποτυχημένες. Τη νύχτα αποπειράθηκαν νέα έφοδο, προσπαθώντας να εισβάλλουν στο Μοναστήρι με την κάλυψη του σκοταδιού, οι Έλληνες όμως τους απέκρουσαν, καθώς είχαν μείνει άγρυπνοι, φυλώντας φρουρά με αναμμένους ξύλινους πυρσούς. Ο ηγούμενος της Βαρνάκοβας, Κοσμάς Θεοχάρης, καθώς και οι ιερομόναχοι Παρθένιος, Ανατόλιος, Ιωακείμ, Κυπριανός και Καλλίστρατος, τελούσαν παρακλήσεις υπό τους ήχους της καμπάνας και των σημάντρων του ναού, ενώ την ώρα της μάχης συνέδραμαν με τα όπλα τους όπου το τείχος απειλούταν περισσότερο.
1821 Βαρνάκοβα: Έξοδος και ανατίναξη
Η πολιορκία κράτησε ημέρες, ωστόσο οι Τούρκοι αδυνατούσαν να καταλάβουν το μοναστήρι. Ύστερα από επανειλημμένες προσπάθειες εκπόρθησης των οχυρώσεών του χωρίς επιτυχία, αποφάσισαν μυστικά να σκάψουν υπόγεια, κάτω από τη μονή, με σκοπό να την ανατινάξουν. Το μυστικό τους προδόθηκε, όμως, στους μοναχούς από έναν Αλβανό και στις 26 Μαΐου οι πολιορκημένοι, κατόπιν συμβουλίου, αποφάσισαν έξοδο και έτσι εξόρμησαν τα μεσάνυχτα με το σπαθί στο χέρι. Σκοτώθηκαν τρεις, δύο μοναχοί και ένας λαϊκός, ενώ τραυματίστηκαν επτά, μεταξύ των οποίων και ο οπλιτάρχης Φραγκίστας στο κεφάλι. Οι Τούρκοι κατόπιν τοποθέτησαν δυναμίτη στις υπόγειες στοές και ανατίναξαν το μοναστήρι, το οποίο όμως ανοικοδομήθηκε μετά από 5 χρόνια, το 1831, από τον Ιωάννη Καποδίστρια, ο οποίος θεωρείται δεύτερος κτήτωρ της Μονής.
Η Ιερά Μονή Παναγίας Βαρνάκοβας
Η Ιερά Μονή Παναγίας Βαρνάκοβας, αφιερωμένη στην Κοίμηση της Θεοτόκου, είναι ένα από τα ιστορικότερα μοναστήρια της Ελλάδας. Ιδρύθηκε κατά τη μεσοβυζαντινή περίοδο, το έτος 1077, από τον Όσιο Αρσένιο τον Βαρνακοβίτη και γρήγορα ανεδείχθη σε θρησκευτικό κέντρο μεγάλης ακτινοβολίας, θέση που διατηρεί μέχρι και σήμερα, αποκαλούμενη «η Αγία Λαύρα της Ρούμελης». Η Μονή βρίσκεται στο νοτιοδυτικό άκρο του νομού Φωκίδας, στον πρώην Δήμο Ευπαλίου, 25 περίπου χιλιόμετρα βορειοανατολικά της Ναυπάκτου, στον παλαιό δρόμο του Λιδωρικίου. Είναι κτισμένη πάνω σε έναν μικρό λόφο στις παρυφές των Βαρδουσίων Ορέων και σε υψόμετρο 750 περίπου μέτρων, μέσα σε πυκνό δάσος από δρυς και αγριοκαστανιές, με πλουσιότατη θέα προς την ορεινή Ναυπακτία, τη Δωρίδα, το Όρος Γκιώνα και τον ποταμό Μόρνο.
Κορυφαίο κειμήλιο του μοναστηριού υπήρξε η θαυματουργή εικόνα της Παναγίας Βαρνάκοβας. Η εικόνα έφερε εμφανές ράγισμα κατά μήκος του προσώπου της Θεοτόκου, που σύμφωνα με αυτόπτες μάρτυρες δημιουργήθηκε από τοπικό σεισμό στις 15 Αυγούστου 1940, την ώρα του τορπιλισμού του ευδρόμου Έλλη στην Τήνο. Η εικόνα καταστράφηκε από πυρκαγιά την Κυριακή 14 Ιουνίου του 2020, μαζί με άλλα ιστορικά κειμήλια.