Στο μικροσκόπιο της ανεξάρτητης Αρχής για το ξέπλυμα μαύρου χρήματος μπαίνουν τα περιουσιακά στοιχεία όσων σχετίζονταν με τα οικονομικά της Κιβωτού του Κόσμου. Ο επικεφαλής της Αρχής Χαράλαμπος Βουρλιώτης έδωσε εντολή να ελεγχθούν οι τραπεζικοί λογαριασμοί και ο τρόπος κτήσης ακινήτων και κινητών περιουσιακών στοιχείων του πατέρα Αντώνιου, στενών συγγενών του και όσων είχαν σχέση με την οικονομική διαχείριση της Κιβωτού, προκειμένου να διαπιστωθεί εάν έχει διαπραχθεί το αδίκημα της υπεξαίρεσης από τα ταμεία της οργάνωσης. Μετά από τη «χιονοστιβάδα» καταγγελιών για την Κιβωτό του Κόσμου, οι Αρχές ερευνούν, εκτός από τη συμπεριφορά των στελεχών της, και τα οικονομικά του οργανισμού.
Σύμφωνα με όσα αποκαλύπτει το MEGA στο ρεπορτάζ του, οι ισολογισμοί της Κιβωτού δείχνουν ότι ο οργανισμός είχε ετησίως έσοδα 4-5 εκατ. ευρώ, ενώ εμφανιζόταν ετήσιο πλεόνασμα που κυμαίνονταν από 500.000 ευρώ έως 1.000.000 ευρώ. Να σημειωθεί πως η Κιβωτός του Κόσμου δημοσίευε στο ίντερνετ ανά διαστήματα πόσα χρήματα είχε συγκεντρώσει για φαγητό, θέρμανση και άλλες δαπάνες. Στις αναρτήσεις της Κιβωτού αυτές εμφανιζόταν στέρηση εσόδων, ενώ ο οργανισμός είχε πλεόνασμα εκατοντάδων χιλιάδων ευρώ. Το ρεπορτάζ σημειώνει ότι τα παιδιά έχουν καταγγείλει ότι υποχρεούνταν σε νηστεία και έτρωγαν σπάνια κρέας. Επίσης, αναφέρεται στις καταγγελίες ότι η ποιότητα του φαγητού δεν ήταν καλή και ότι φιλοξενούμενοι σε δομές της Κιβωτού έχουν πάθει δηλητηριάσεις.