Ο εκλιπών έδινε τους τελευταίους μήνες μάχη με την επάρατη νόσο, ωστόσο, δεν κατάφερε να βγει νικητής, με αποτέλεσμα να αφήσει την τελευταία του πνοή τα ξημερώματα της Τετάρτης (07/06). Ο Γιάννης Ασσαργιωτάκης είχε συνδέσει το όνομά του με την ομάδα του Πόρου, η οποία αγωνίζεται στην Γ’ Εθνική και είχε φτάσει κοντά ακόμα και με την άνοδο στην Super League 2, ενώ ο ίδιος είχε διεκδικήσει ακόμα και την προεδρία της Ένωσης Ποδοσφαιρικών Σωματείων Ηρακλείου, χωρίς να καταφέρει να κερδίσει. Την είδηση του θανάτου ανακοίνωσε ο Πόρος, μέσω των social media της ομάδας, γράφοντας χαρακτηριστικά: «Καλό ταξίδι πρόεδρε, θα σε αγαπάμε για πάντα! Ο πρόεδρός μας Γιάννης Ασσαργιωτάκης έφυγε για το μεγάλο ταξίδι. Πρόεδρε θα σε αγαπάμε για πάντα!».
Επιπλέον η Ένωση Ποδοσφαιρικών Σωματείων Ηρακλείου έγραψε στο διαδίκτυο:
«ΤΟ ΗΡΑΚΛΕΙΩΤΙΚΟ ΠΟΔΟΣΦΑΙΡΟ ΠΕΝΘΕΙ ΓΙΑ ΤΟΝ ΘΑΝΑΤΟ ΤΟΥ ΓΙΑΝΝΗ ΑΣΣΑΡΓΙΩΤΑΚΗ. Έφυγε τα ξημερώματα από τη ζωή, δίνοντας γενναία μάχη, ο πρόεδρος του Πόρου Γιάννης Ασσαργιωτάκης, σκορπίζοντας πένθος και οδύνη με τον τόσο άδικο και πρόωρο χαμό του. Ο εκλιπών πρόσφερε τα μέγιστα, όχι μόνο στο σωματείο του Πόρου, το οποίο αγωνίστηκε επί προεδρίας του μέχρι τις εθνικές κατηγορίες, όσο και στο ηρακλειώτικο ποδόσφαιρο γενικότερα, αλλά και στην τοπική κοινωνία με τις δράσεις και τις πρωτοβουλίες του. H Ένωση Ποδοσφαιρικών Σωματείων Ηρακλείου, προσωπικά ο πρόεδρος Νίκος Τζώρτζογλου, σύσσωμο το Δ.Σ. και τα στελέχη της τοπικής Ένωσης εκφράζουν τα βαθιά και ειλικρινή τους συλλυπητήρια στην οικογένεια του Γιάννη Ασσαργιωτάκη και στο σωματείο του Πόρου, που έχασε τον ηγέτη και κορυφαίο παράγοντα της ιστορίας του.
Καλοστραθιά πρόεδρε…»
