Επαρκείς ενδείξεις ώστε ο πατήρ Αντώνιος Παπανικολάου να παραπεμφθεί σε δίκη «βλέπει» ο Εισαγγελέας που μελέτησε τη δικογραφία που σχηματίστηκε μετά από καταγγελίες για ασελγείς πράξεις και κακοποιητικές συμπεριφορές σε βάρος ανήλικων φιλοξενούμενων στην «Κιβωτό του Κόσμου». Ο Εισαγγελέας Πρωτοδικών Δημήτρης Νομικός προτείνει προς το αρμόδιο Συμβούλιο Πλημμελειοδικών, ο ιδρυτής της «Κιβωτού» να καθίσει στο εδώλιο του Μικτού Ορκωτού Δικαστηρίου για τα αδικήματα της κατάχρησης ανηλίκου με παθόντα που δεν είχε συμπληρώσει τα 14 έτη, αλλά και με παθόντα που είχε συμπληρώσει τα 14 έτη.
Οι καταγγελίες για κακοποιήσεις ήρθαν στο φως πριν από περίπου ένα χρόνο και οδήγησαν τον πατέρα Αντώνιο εκτός του ιδρύματος. Όπως σημειώνει ο εισαγγελικός λειτουργός στην πρότασή του, «ο κατηγορούμενος εκμεταλλευόμενος την κυρίαρχη θέση που είχε στην εν γένει λειτουργία και τις δραστηριότητες της Κιβωτού, την εμπιστοσύνη που επεδείκνυαν σε αυτόν τα παιδιά αλλά και το ιερατικό του σχήμα, ενεργώντας με ένα κοινό μοτίβο εγκληματικής συμπεριφοράς και με ένα πανομοιότυπο τρόπο προσέγγισης των ανηλίκων, προέβη σε γενετήσιες πράξεις σε βάρος των 2 ανηλίκων».
Ο πατήρ Αντώνιος στην απολογία του είχε αρνηθεί το κατηγορητήριο και είχε κάνει λόγο για σκευωρία
Όπως σημειώνει ο Εισαγγελέας στην πρότασή του «ο κατηγορούμενος αρνείται συνολικά τις αποδιδόμενες σε αυτόν κατηγορίες, ισχυριζόμενος ότι πρόκειται περί μιας μεθοδευμένης κατασκευής γεγονότων, ιδίως από τον πρώτο εγκαλούντα, ο οποίος παρέπεισε και υποκίνησε τον έτερο παθόντα να καταθέσει ότι έπεσε θύμα γενετήσιας παρενόχλησης και προσκομίζει πληθώρα αποδεικτικών στοιχείων, ιδίως μαρτυρικές καταθέσεις, προκειμένου να αντικρούσει την σε βάρος του κατηγορία. Όμως οι ισχυρισμοί του κατηγορούμενου δεν μπορούν να γίνουν αποδεκτοί, καθώς υπάρχει πληθώρα διασταυρούμενων και πολλάκις επαληθευμένων μαρτυρικών καταθέσεων ανθρώπων που εργάζονταν ή φιλοξενούνταν στην «Κιβωτό» ή είχαν έρθει σε προσωπική επικοινωνία με τους παθόντες κι οι οποίοι άπαντες επιβεβαιώνουν τις καταγγελίες».
Την τελική απόφαση για το εάν θα παραπεμφθεί σε δίκη ή όχι ο πατήρ Αντώνιος θα τη λάβει το προσεχές διάστημα το Συμβούλιο Πλημμελειοδικών. Ο εισαγγελέας παράλληλα εισηγείται να διατηρηθούν οι περιοριστικοί όροι και η εγγυοδοσία που είχε επιβληθεί στον ιδρυτή της «Κιβωτού» μετά την απολογία του έως ότου διεξαχθεί η δίκη.