Τα λείψανα του Αγίου Βαλεντίνου βρίσκονταν μέχρι το 1990 στην Καθολική Εκκλησία της Μυτιλήνης, τη γνωστή «Φραγκοκκλησιά» στην οδό Ερμού, κάτω από την Αγία Τράπεζα. Το 1990 μεταφέρθηκαν από τον τότε εφημέριο της Καθολικής Εκκλησίας της Μυτιλήνης, φραγκισκανό μοναχό π. Τορκουάτο Μορίνη, μια και ελλείψει πληρώματος της Εκκλησίας δεν διέμενε πια στο νησί αλλά στην Αθήνα και περιστασιακά εξυπηρετούσε και τη Μυτιλήνη.
Η μεγάλη ιστορία των λειψάνων
Κάποια τμήματα από αυτά τα λείψανα τοποθετήθηκαν στο παρεκκλήσι του Τάγματος των Καπουτσίνων, το αφιερωμένο στους Αγίους Φραγκίσκο και Κλάρα, στην οδό Γκιλφόρδου 7 στην πλατεία Βικτωρίας στην Αθήνα, και κάποια άλλα λέγεται πως στάλθηκαν στην έδρα της Καθολικής Εκκλησίας στη Ρώμη, από όπου και είχαν ξεκινήσει το ταξίδι τους στην Ανατολή πριν από δύο αιώνες. Το 1907 τα λείψανα βρέθηκαν στον καθολικό ναό της Μεταστάσεως της Θεοτόκου στη Μυτιλήνη, όπου υπήρχε τότε αξιόλογη κοινότητα καθολικών (Φραγκολεβαντίνοι). Δεν είναι γνωστή η ακριβής διαδρομή των λειψάνων, πιθανότατα μεταφέρθηκαν στη Μυτιλήνη από κάποιο απόγονο του Longarini di S. Costanzo (κατά κληρονομική διαδοχή από τον ίδιο) που μετανάστευσε στη Μυτιλήνη στο τέλος του 19ου αιώνα.
Τα λείψανα είχαν τοποθετηθεί κάτω από το κεντρικό ιερό βήμα του καθολικού ναού της Μυτιλήνης και πιθανότατα είχαν δοθεί προς φύλαξη από τον κάτοχό τους στον τότε εφημέριο της Μυτιλήνης.
Η αυθεντικότητα των λειψάνων
Στις 27 Απριλίου 1907 ο καθολικός Αρχιεπίσκοπος της Σμύρνης Δομήνικος Μαρέγκος πραγματοποίησε αυτοψία στα λείψανα και εξακρίβωσε την αυθεντικότητα τους, και κράτησε τμήματα προορισμένα για τη Ρώμη, τη Σμύρνη και τη δωρήτρια οικογένεια. Τελευταία κάτοχος των τιμίων λειψάνων ήταν η Λουκία Θεοφανοπούλου Bongigli, η οποία τα δώρισε στον καθολικό ναό της Μυτιλήνης. Το 1990 και ενώ η κοινότητα των καθολικών στη Μυτιλήνη είχε μειωθεί σημαντικά ο Φραγκισκανός μοναχός Τορκουάτο Μορίνι μεταφέρει τα λείψανα στον ναό του Τάγματος των Καπουτσίνων των Αγίων Φραγκίσκου και Κλάρας της Αθήνας στην οδό Γκυϊλφόρδου 7 στην Αθήνα.
Στις 12 Φεβρουαρίου 2009, έγινε η απότμηση τμήματος των λειψάνων από τον αρχιεπίσκοπο των Καθολικών των Αθηνών Νικόλαο, υπογράφτηκε ειδικό επίσημο έγγραφο της πράξης αυτής, παρουσία και του ιερατικώς προϊσταμένου τού παρεκκλησίου του Αγίου Φραγκίσκου και της Αγίας Κλάρας, ιερομονάχου καπουτσίνου π. Γαβριήλ Ριγκέτο, και παραδόθηκαν στον αρχιεπίσκοπο Νάξου, Τήνου, Άνδρου και Μυκόνου με την ιδιότητα του αποστολικού τοποτηρητή της Καθολικής Επισκοπής Χίου (Χίος, Μυτιλήνη και Σάμος), προκειμένου να τα επαναφέρει στη Μυτιλήνη. Kάποια λείψανα λέγεται πως στάλθηκαν στην έδρα της Καθολικής Εκκλησίας, στη Ρώμη. Το 2014 τα λείψανα που βρίσκονταν στη Χίο μεταφέρθηκαν ξανά στη Μυτιλήνη και βρίσκονται στη καθολική εκκλησία της Μεταστάσεως της Θεοτόκου.