Ο Γιάννης Βαρδής και η σύζυγός του Νατάσα Σκαφιδά παντρεύτηκαν το 2017 στη Λήμνο και μαζί έχουν αποκτήσει δύο παιδιά, την Κατερίνα που είναι 8 ετών και τον Αντώνη που είναι 5.
Οι δυο τους σε κοινή τους συνέντευξη στην εκπομπή Happy Day της Σταματίνας Τσιμτσιλή ανέφεραν ότι ο έρωτάς τους ήταν με την πρώτη ματιά, αλλά και στα προβλήματα στη σχέση τους μετά τον ερχομό του γιου τους, Αντώνη, ο οποίος μοιάζει πολύ στον αξέχαστο και συνονόματο πατέρα του Γιάννη Βαρδή.
«Όταν γεννήθηκε ο γιος μας, είχε θέματα με το στομάχι του και για επτά μήνες αντιμετωπίσαμε αρκετές δυσκολίες. Ήταν μια έντονη περίοδος και για εμάς ως ζευγάρι. Δεν κοιμόμασταν, τους πρώτους μήνες τσακωνόμασταν συνέχεια με τη Νατάσα.
Ανταλλάσσαμε λόγια που δε φιλτράραμε και πληγώναμε ο ένας τον άλλο», εξομολογήθηκε ο Γιάννης Βαρδής. Η Νατάσα Σκαφίδα πρόσθεσε ότι ζήτησε τη συμβουλή ενός ειδικού, ο οποίος της είπε ότι από τη στιγμή που κατάφεραν να ξεπεράσουν αυτήν την κρίση, δεν πρόκειται να χωρίσουν ποτέ.
Ο γνωστός τραγουδιστής Γιάννης Βαρδής μέσα από το προφίλ του στο Instagram δημοσιεύει συχνά στιγμές από την οικογενειακή του ζωή, μαζί με τη σύζυγό του Κατερίνα Σκαφίδα και τα δύο παιδιά του, Κατερίνα και Αντώνη. Ο ίδιος και η σύζυγός του έχουν πολύ καλή σχέση με τη γυμναστική και συχνά δημοσιεύουν φωτογραφίες από τις προπονήσεις τους στα social media. Πρόσφατα, ο Γιάννης Βαρδής πόσταρε μια φωτογραφία στο Instagram, όπου βλέπουμε τον ίδιο και τη σύζυγό του να ποζάρουν στην κάμερα με τα μαγιό τους, με τους followers να παρατηρούν πόσο fit είναι και οι δύο. Στη λεζάντα της φωτογραφίας έγραψε: «Δηλώνω ακόμα τρελός για σένα μετά από τόσα χρόνια».